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北京市疾病预防控制中心
北京市疾病预防控制中心、北京市预防医学研究中心是根据国务院关于卫生监督、卫生防病体制改革的总体要求，在北京市卫生防疫站，北京市劳动卫生与职业病防治研究所、北京市健康教育所、北京市性病防治所的基础上，于2000年6月正式组成的市级卫生事业单位。
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福建省疾病预防控制中心
福建省疾病预防控制中心成立于2003年7月，由福建省卫生防疫站、福建省结核病防治所、福建省健康教育所和福建省皮肤病防治院中性病麻风病社会防治科室合并组建而成福建省疾病预防控制中心，同时增挂福建省健康教育促进中心和福建省卫生检验中心两面牌子。2005年4月被确定为副厅级单位。
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中国疾病预防控制中心传染病预防控制所
传染病预防控制所（以下简称传染病所）是中国疾病预防控制中心领导下的国家级传染病预防控制专业机构，是全国传染病预防控制业务技术指导中心。
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中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心
中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心的前身为中国预防医学科学院所属卫生部艾滋病预防控制中心，成立于1998年7月，是经国务院批准的艾滋病预防控制专业机构。随着2002年1月23日中国预防医学科学院更名为中国疾病预防控制中心，卫生部艾滋病预防与控制中心更名为性病艾滋病预防控制中心（NCAIDS/STD），为中国疾病预防控制中心下属的一个二级单位，简称性艾中心。
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广东省疾病预防控制中心
广东省疾病预防控制中心为广东省卫生厅管理的公益一类事业单位，副厅级，是全省疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处置、卫生监测检验的技术指导中心。她组建于 2000年12月28日，前身为成立于1952年的广东省卫生防疫站。2008年6月，经广东省人民政府同意，批准实行参照《公务员法》管理。
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中国疾病预防控制中心妇幼保健中心
中国疾病预防控制中心妇幼保健中心（以下简称妇幼保健中心）是中国疾病预防控制中心领导下的国家级妇幼保健专业机构，是全国性妇幼保健业务技术指导中心。妇幼保健中心以贯彻实施《母婴保健法》、《中国儿童发展纲要》和《中国妇女发展纲要》为核心，坚持"以保健为中心，以保障生殖健康为目的，保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主"的妇幼卫生工作方针。
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湖北省疾病预防控制中心
湖北省预防医学科学院湖北省疾病预防控制中心（以下简称院中心）是省委、省政府及省卫生厅根据国家关于卫生体制改革和疾病控制体制改革的精神，经省编委批准，于2002年正式组建的省卫生厅直属事业单位，其前身为湖北省医学科学院湖北省卫生防疫站。承担省政府赋予的全省紧急疫情、突发公共卫生事件应急处理、疾病预防与控制、卫生监测检验与防护、预防医学科研、健康教育与促进职责。是全省唯一省级疾病预防控制与预防医学科研机构。对外实行两块牌子，一套班子的管理体制。
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广西壮族自治区疾病预防控制中心
广西壮族自治区疾病预防控制中心（简称广西CDC）是根据广西壮族自治区人民政府桂政办发[2001]91号文、桂编[2000]99号和桂编[2002]8号文的要求，在原广西壮族自治区卫生防疫站、广西壮族自治区寄生虫病防治研究所（分别成立于1954、1958年）和广西壮族自治区健康教育所（成立于1959年）的基础上，于2001年8月正式重新组建的正处级全民公益性卫生事业单位，同时经广西壮族自治区编委批准增挂“广西壮族自治区卫生监测检验中心”、“广西预防医学研究所”牌子，并保留“广西壮族自治区健康教育所”牌子。
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沈阳市疾病预防控制中心
沈阳市疾病预防控制中心是在原沈阳市卫生防疫站基础上组建的。沈阳市卫生防疫站成立于1952年，是全国最早建立的市级卫生防疫站机构之一，1998年成为全国省会市级一等站。2002年1月经机构重组，沈阳市疾病预防控制中心成立。
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广州市疾病预防控制中心
广州市疾病预防控制中心（广州市卫生检验中心），原名广州市卫生防疫站，是全市疾病预防控制和卫生监督检验检测的指导中心，担负广州市传染病和慢性非传染性疾病的预防控制、相关产品的卫生监督监测检验、卫生学评价、功能学试验与评价的业务工作，同时也是高等医学院校的教学基地。
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大连市疾病预防控制中心
大连市疾病预防控制中心是在卫生体制改革中于2002年2月6日在原大连市卫生防疫站、市劳动卫生研究所、市健康教育中心的基础上组建的新型综合性疾病预防控制机构，担负着疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导的七大职能。
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